3か月前の退職申出を義務付けられるか

Q.後任の手配や引き継ぎのため、退職は3か月前に申出なければならない、という規則は有効でしょうか。

A.無効です。義務の規定ではなく努力規定としましょう。
使用者の解雇は原則30日前の解雇予告か解雇予告相当の解雇予告手当が必要です。一方、労働者からの退職の申出は労働基準法で定められておらず、労働契約の一般法である民法の規定により、解約の効果は申し入れから2週間経過により生じることになっています。これより労働者にとって不利な期間は努力規定の目安として記載しましょう。
しかし、職種や個別の事情を勘案する必要はありますが、努力規定としても3か月は少し長い印象を受けます。
就業規則には「原則として2か月前までに申し出るようにしなければならない。ただし、やむを得ない事情がある場合は2週間前までに申し出ることができる。」などと記載しましょう。